| １次ラウンド |
| A組 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | ホンダロック（全社枠・九州3位） | 3 | 6 | 1 | 1 | 1 | 0 | 4 | 3 | 1 |
| 2 | バンディオンセ加古川（関西1位） | 3 | 5 | 1 | 0 | 2 | 0 | 4 | 3 | 1 |
| 3 | AC長野パルセイロ（北信越1位） | 3 | 5 | 1 | 1 | 0 | 1 | 6 | 6 | 0 |
| 4 | 沖縄かりゆしFC（九州1位） | 3 | 2 | 0 | 1 | 0 | 2 | 3 | 5 | -2 |
| B組 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | V･ファーレン長崎（九州2位） | 3 | 6 | 3 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 7 |
| 2 | カマタマーレ讃岐（四国1位） | 3 | 5 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 2 | 0 |
| 3 | アイン食品（関西2位） | 3 | 3 | 0 | 1 | 1 | 1 | 2 | 6 | -4 |
| 4 | 日立栃木ウーヴァSC（関東2位） | 3 | 1 | 0 | 0 | 1 | 2 | 1 | 4 | -3 |
| C組 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | レノファ山口（中国1位） | 3 | 8 | 2 | 1 | 0 | 0 | 5 | 3 | 2 |
| 2 | 松本山雅FC （全社枠・北信越4位） | 3 | 7 | 2 | 0 | 1 | 0 | 6 | 4 | 2 |
| 3 | グルージャ盛岡（東北1位） | 3 | 3 | 1 | 0 | 0 | 2 | 9 | 5 | 4 |
| 4 | 静岡FC（東海1位） | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 10 | -8 |
| NECトーキン (全社枠）が出場を辞退したため、松本山雅FCが代替出場 |
| D組 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | FC町田ゼルビア（関東1位） | 3 | 8 | 2 | 1 | 0 | 0 | 9 | 1 | 8 |
| 2 | 矢崎バレンテFC （東海2位） | 3 | 7 | 2 | 0 | 1 | 0 | 9 | 3 | 6 |
| 3 | ノルブリッツ北海道（北海道1位） | 3 | 3 | 1 | 0 | 0 | 2 | 2 | 4 | -2 |
| 4 | 佐川急便中国（中国2位） | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 3 | 15 | -12 |
| 決勝ラウンド |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | FC町田ゼルビア | 3 | 8 | 2 | 1 | 0 | 0 | 4 | 1 | 3 |
| 2 | V･ファーレン長崎 | 3 | 7 | 2 | 0 | 1 | 0 | 6 | 0 | 6 |
| 3 | ホンダロック | 3 | 3 | 1 | 0 | 0 | 2 | 3 | 7 | -4 |
| 4 | レノファ山口 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 5 | -5 |
| FC町田ゼルビア、V･ファーレン長崎はJFLに昇格 |
| １次ラウンド | |||||||
| 期日 | 組 | 対戦相手 | 試合会場 | 試合 時間 |
|||
| ホーム | 結果 | アウェイ | |||||
| 第1節 | 11/22（土） | A | AC長野パルセイロ | ２−２ PK4-2 |
ホンダロック | 本城陸上競技場 | 11：00 |
| 沖縄かりゆしFC | １−１ PK4-3 |
バンディオンセ加古川 | 13：15 | ||||
| B | カマタマーレ讃岐 | ２−０ | 日立栃木ウーヴァSC | 春野総合運動公園球技場 | 11：00 | ||
| V･ファーレン長崎 | ４−０ | アイン食品 | 13：15 | ||||
| C | レノファ山口FC | ２−１ | 静岡FC | とりぎんバードスタジアム | 11：00 | ||
| グルージャ盛岡 | ２−３ | 松本山雅FC | 13：15 | ||||
| D | 佐川急便中国 | ０−７ | FC町田ゼルビア | コカコーラウエストスポーツパーク | 11：00 | ||
| 矢崎バレンテFC | ２−０ | ノルブリッツ北海道 | 13：15 | ||||
| 第2節 | 11/23（日） | A | AC長野パルセイロ | ２−１ | 沖縄かりゆしFC | 本城陸上競技場 | 11：00 |
| ホンダロック | ０−０ PK5-4 |
バンディオンセ加古川 | 13：15 | ||||
| B | カマタマーレ讃岐 | ０−２ | V･ファーレン長崎 | 春野総合運動公園球技場 | 11：00 | ||
| 日立栃木ウーヴァSC | １−１ PK4-5 |
アイン食品 | 13：15 | ||||
| C | レノファ山口 | ２−１ | グルージャ盛岡 | とりぎんバードスタジアム | 11：00 | ||
| 静岡FC | １−２ | 松本山雅FC | 13：15 | ||||
| D | 佐川急便中国 | ２−６ | 矢崎バレンテFC | コカコーラウエストスポーツパーク | 11：00 | ||
| FC町田ゼルビア | １−０ | ノルブリッツ北海道 | 13：15 | ||||
| 第3節 | 11/24（月） | A | AC長野パルセイロ | ２−３ | バンディオンセ加古川 | 本城陸上競技場 | 11：00 |
| ホンダロック | ２−１ | 沖縄かりゆしFC | 13：15 | ||||
| B | カマタマーレ讃岐 | ０−０ PK4-2 |
アイン食品 | 春野総合運動公園球技場 | 11：00 | ||
| 日立栃木ウーヴァSC | ０−１ | V･ファーレン長崎 | 13：15 | ||||
| C | レノファ山口 | １−１ PK5-3 |
松本山雅FC | とりぎんバードスタジアム | 11：00 | ||
| 静岡FC | ０−６ | グルージャ盛岡 | 13：15 | ||||
| D | 佐川急便中国 | １−２ | ノルブリッツ北海道 | コカコーラウエストスポーツパーク | 11：00 | ||
| FC町田ゼルビア | １−１ PK6-5 |
矢崎バレンテFC | 13：15 | ||||
| 決勝ラウンド | |||||||
| 期日 | 対戦相手 | 試合会場 | 試合 時間 |
||||
| ホーム | 結果 | アウェイ | |||||
| 第1節 | 11/28（金） | ホンダロック | ０−５ | V･ファーレン長崎 | 石垣島サッカーパークあかんま | 11：00 | |
| レノファ山口 | ０−２ | FC町田ゼルビア | 13：15 | ||||
| 第2節 | 11/29（土） | ホンダロック | ２−０ | レノファ山口 | 11：00 | ||
| V･ファーレン長崎 | ０−０ PK3-5 |
FC町田ゼルビア | 13：15 | ||||
| 第3節 | 11/30（日） | ホンダロック | １−２ | FC町田ゼルビア | 11：00 | ||
| V･ファーレン長崎 | １−０ | レノファ山口 | 13：15 | ||||
 |
