| １次ラウンド |
| A組 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | ＦＣ琉球（九州2位） | 2 | 6 | 2 | 0 | 0 | 0 | 7 | 2 | 5 |
| 2 | ホンダルミノッソ狭山ＦＣ（関東1位） | 2 | 3 | 2 | 0 | 0 | 1 | 5 | 5 | 0 |
| 3 | 佐川急便中国支社（中国1位） | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 7 | -5 |
| B組 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | ロッソ熊本（九州1位） | 2 | 6 | 2 | 0 | 0 | 0 | 5 | 3 | 2 |
| 2 | グルージャ盛岡（東北2位） | 2 | 3 | 2 | 0 | 0 | 1 | 2 | 2 | 0 |
| 3 | ファジアーノ岡山ＦＣ（中国2位） | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 4 | 6 | -2 |
| C組 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | ジェフユナイテッド千葉アマチュア（関東2位） | 3 | 7 | 2 | 0 | 1 | 0 | 12 | 2 | 10 |
| 2 | ＴＤＫサッカー部（東北1位） | 3 | 7 | 1 | 2 | 0 | 0 | 3 | 2 | 1 |
| 3 | 長野エルザＳＣ（北信越） | 3 | 2 | 0 | 0 | 2 | 1 | 2 | 5 | -3 |
| 4 | ノルブリッツ北海道ＦＣ（北海道） | 3 | 2 | 0 | 1 | 0 | 2 | 0 | 8 | -8 |
| D組 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | バンディオンセ神戸（関西） | 2 | 6 | 2 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 2 |
| 2 | 静岡ＦＣ（東海） | 2 | 3 | 1 | 0 | 0 | 1 | 3 | 2 | 1 |
| 3 | 南国高知ＦＣ（四国） | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 4 | -3 |
| 決勝ラウンド |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | PK勝 | PK敗 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | ＦＣ琉球（Ａ組） | 3 | 7 | 1 | 2 | 0 | 0 | 3 | 2 | 1 |
| 2 | ジェフユナイテッド千葉アマチュア（Ｃ組） | 3 | 6 | 2 | 0 | 0 | 1 | 4 | 2 | 2 |
| 3 | ロッソ熊本（Ｂ組） | 3 | 4 | 1 | 0 | 1 | 1 | 5 | 3 | 2 |
| 4 | バンディオンセ神戸（Ｄ組） | 3 | 1 | 0 | 0 | 1 | 2 | 1 | 6 | -5 |
| 1位ＦＣ琉球、2位ジェフユナイテッド千葉アマチュアはＪＦＬ昇格。愛媛ＦＣのＪ２入りが決定したので3位のロッソ熊本もＪＦＬ昇格 |
| １次ラウンド | |||||||
| 期日 | 組 | 対戦相手 | 試合会場 | 試合 時間 |
|||
| ホーム | 結果 | アウェイ | |||||
| 第1節 | 11/25（金） | A | FC琉球 | ４−１ | ホンダルミノッソ狭山ＦＣ | 大津町運動公園球技場 | 11：00 |
| B | ロッソ熊本 | ４−３ | ファジアーノ岡山ＦＣ | 大津町運動公園球技場 | 13：15 | ||
| C | 長野エルザＳＣ | １−４ | ジェフユナイテッド千葉アマチュア | 高知県立春野総合運動公園球技場 | 11：00 | ||
| ノルブリッツ北海道ＦＣ | ０−１ | ＴＤＫサッカー部 | 高知県立春野総合運動公園球技場 | 13：15 | |||
| D | 静岡ＦＣ | ２−０ | 南国高知ＦＣ | 南国市吾岡山文化の森スポーツ広場 | 13：15 | ||
| 第2節 | 11/26（土） | A | ＦＣ琉球 | ３−１ | 佐川急便中国支社 | 大津町運動公園球技場 | 11：00 |
| B | ロッソ熊本 | １−０ | グルージャ盛岡 | 大津町運動公園球技場 | 13：15 | ||
| C | 長野エルザＳＣ | ０−０ PK2-4 |
ノルブリッツ北海道ＦＣ | 高知県立春野総合運動公園球技場 | 11：00 | ||
| ジェフユナイテッド千葉アマチュア | １−１ PK3-4 |
ＴＤＫサッカー部 | 高知県立春野総合運動公園球技場 | 13：15 | D | 静岡ＦＣ | １−２ | バンディオンセ神戸 | 南国市吾岡山文化の森スポーツ広場 | 13：15 |
| 第3節 | 11/27（日） | A | ホンダルミノッソ狭山ＦＣ | ４−１ | 佐川急便中国支社 | 大津町運動公園球技場 | 11：00 |
| B | ファジアーノ岡山ＦＣ | １−２ | グルージャ盛岡 | 大津町運動公園球技場 | 13：15 | ||
| C | 長野エルザＳＣ | １−１ PK4-5 |
ＴＤＫサッカー部 | 高知県立春野総合運動公園球技場 | 11：00 | ||
| ジェフユナイテッド千葉アマチュア | ７−０ | ノルブリッツ北海道ＦＣ | 高知県立春野総合運動公園球技場 | 13：15 | |||
| D | 南国高知ＦＣ | １−２ | バンディオンセ神戸 | 南国市吾岡山文化の森スポーツ広場 | 13：15 | ||
| 決勝ラウンド | |||||||
| 期日 | 対戦相手 | 試合会場 | 試合 時間 |
||||
| ホーム | 結果 | アウェイ | |||||
| 第1節 | 12/2（金） | FC琉球 | １−１ PK5-4 |
ロッソ熊本 | 桃太郎スタジアム | 11：00 | |
| ジェフユナイテッド千葉アマチュア | ２−０ | バンディオンセ神戸 | 桃太郎スタジアム | 13：15 | |||
| 第2節 | 12/3（土） | FC琉球 | １−０ | ジェフユナイテッド千葉アマチュア | 桃太郎スタジアム | 11：00 | |
| ロッソ熊本 | ３−０ | バンディオンセ神戸 | 桃太郎スタジアム | 13：15 | |||
| 第3節 | 12/4（日） | FC琉球 | １−１ PK5-4 |
バンディオンセ神戸 | 桃太郎スタジアム | 11：00 | |
| ロッソ熊本 | １−２ | ジェフユナイテッド千葉アマチュア | 桃太郎スタジアム | 13：15 | |||
 |