| 2006年度 |
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | 引分 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | 東レTOP | 12 | 34 | 11 | 1 | 0 | 76 | 9 | 67 |
| 2 | 滋賀FC | 12 | 31 | 10 | 1 | 1 | 76 | 7 | 69 |
| 3 | BSC HIRA | 12 | 24 | 7 | 3 | 2 | 45 | 15 | 30 |
| 4 | 守山侍2000 | 12 | 23 | 7 | 2 | 3 | 30 | 18 | 12 |
| 5 | SFC TOP | 12 | 18 | 6 | 0 | 6 | 33 | 25 | 8 |
| 6 | FC八幡 | 12 | 17 | 5 | 2 | 5 | 34 | 55 | -21 |
| 7 | BSC ROSAGE | 12 | 16 | 5 | 1 | 6 | 29 | 31 | -2 |
| 8 | ヴィオラSC | 12 | 16 | 5 | 1 | 6 | 24 | 50 | -26 |
| 9 | マッチーズFC | 12 | 14 | 4 | 2 | 6 | 19 | 39 | -20 |
| 10 | 甲賀クラブ | 12 | 13 | 4 | 1 | 8 | 30 | 42 | -12 |
| 11 | FC甲賀 | 12 | 12 | 4 | 0 | 8 | 19 | 53 | -34 |
| 12 | FCギャザー | 12 | 5 | 1 | 2 | 9 | 18 | 49 | -31 |
| 13 | 栗東FC TOP | 12 | 3 | 1 | 0 | 11 | 16 | 56 | -40 |
プレーオフ
| 順位 | チーム | 試合 | 勝点 | 勝利 | 引分 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | 滋賀FC | 3 | 9 | 3 | 0 | 0 | 13 | 1 | 12 |
| 2 | BSC HIRA | 3 | 6 | 2 | 0 | 1 | 8 | 6 | 2 |
| 3 | 東レTOP | 3 | 6 | 1 | 0 | 2 | 5 | 5 | 0 |
| 4 | 守山侍2000 | 3 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 16 | -14 |
東レTOPはリーグ戦1位だったので勝点3が与えられる。
| 期日 | 対戦相手 | 試合会場 | 試合 時間 |
|||
| ホーム | 結果 | アウェイ | ||||
| 第1節 | 4/29（日） | ヴィオラSC | ５−２ | 守山侍2000 | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 10：00 |
| SFC | ４−０ | FC甲賀 | 12：30 | |||
| 東レTOP | ３−１ | FCギャザー | 15：00 | |||
| 4/30（月） | FC八幡 | ３−７ | 甲賀クラブ | 11：00 | ||
| ROSAGE | １−２ | マッチーズ | 13：30 | |||
| 第2節 | 5/6（日） | 栗東FC | １−３ | 甲賀クラブ | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 10：00 |
| 東レTOP | ４−１ | FC甲賀 | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 10：00 | ||
| ROSAGE | ０−０ | HIRA | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 12：30 | ||
| SFC | ２−３ | マッチーズ | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 12：30 | ||
| 滋賀FC | ０−１ | 守山侍2000 | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 15：00 | ||
| ヴィオラSC | ２−４ | FCギャザー | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 15：00 | ||
| 第3節 | 5/13（日） | 滋賀FC | １−０ | HIRA | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 14：00 |
| 東レTOP | ７−０ | 甲賀クラブ | 16：30 | |||
| ROSAGE | ２−６ | 守山侍2000 | 19：00 | |||
| 5/20（日） | SFC | ６−１ | FC八幡 | 栗東野洲川グラウンド | 11：00 | |
| 栗東FC | １−２ | FC甲賀 | 13：30 | |||
| 第4節 | 6/2（土） | 滋賀FC | １３−１ | 甲賀クラブ | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 10：00 |
| ROSAGE | ４−０ | FC甲賀 | 野洲川歴史公園サッカー場Ｃ | 11：00 | ||
| 東レTOP | ８−０ | HIRA | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 12：30 | ||
| ヴィオラSC | ３−２ | マッチーズ | 野洲川歴史公園サッカー場Ｃ | 13：30 | ||
| 栗東FC | ０−１ | 守山侍2000 | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 15：00 | ||
| 6/9（土） | FC八幡 | ０−７ | HIRA | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 10：00 | |
| 東レTOP | ８−１ | マッチーズ | 12：30 | |||
| 滋賀FC | ９−０ | FCギャザー | 15：00 | |||
| 第5節 | 6/17（日） | FC甲賀 | １−２ | 守山侍2000 | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 17：00 |
| 甲賀クラブ | １−２ | HIRA | 19：00 | |||
| 6/24（日） | 東レTOP | １０−２ | FC八幡 | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 10：00 | |
| 滋賀FC | ６−０ | FC甲賀 | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 12：30 | ||
| 甲賀クラブ | １−１ | 守山侍2000 | 野洲川歴史公園サッカー場Ｃ | 13：00 | ||
| 栗東FC | １−２ | マッチーズ | 野洲川歴史公園サッカー場Ｃ | 15：00 | ||
| SFC | ０−３ | HIRA | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 15：00 | ||
| 第6節 | 7/1（日） | 滋賀FC | ７−１ | マッチーズ | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 10：00 |
| FCギャザー | １−４ | HIRA | 12：30 | |||
| 東レTOP | ３−１ | 守山侍2000 | 15：00 | |||
| 7/7（土） | 栗東FC | ０−６ | SFC | 野洲川歴史公園サッカー場Ｃ | 11：00 | |
| ROSAGE | ３−４ | FC八幡 | 13：30 | |||
| 7/8（日） | マッチーズ | ２−１ | 甲賀クラブ | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 11：00 | |
| FCギャザー | １−５ | 守山侍2000 | 13：30 | |||
| 第7節 | 9/1（土） | HIRA | ２−２ | 守山侍2000 | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 10：00 |
| 甲賀クラブ | ８−０ | FC甲賀 | 12：30 | |||
| 東レTOP | ９−０ | ヴィオラSC | 15：00 | |||
| 9/2（日） | マッチーズ | ２−４ | FC八幡 | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 10：00 | |
| 栗東FC | ６−０ | FCギャザー | 12：30 | |||
| ROSAGE | １−０ | SFC | 15：00 | |||
| 第8節 | 9/9（日） | ROSAGE | ４−０ | 甲賀クラブ | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 10：00 |
| 滋賀FC | ６−３ | SFC | 栗東野洲川グラウンド | 11：00 | ||
| マッチーズ | ０−６ | 守山侍2000 | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 12：30 | ||
| 栗東FC | ３−７ | FC八幡 | 栗東野洲川グラウンド | 13：30 | ||
| FCギャザー | ３−４ | FC甲賀 | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 15：00 | ||
| 9/16（日） | ヴィオラSC | ３−３ | FC八幡 | 希望ヶ丘球技場 | 12：30 | |
| 第9節 | 9/22（土） | 栗東FC | ０−５ | HIRA | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 10：00 |
| ROSAGE | ０−９ | 東レTOP | 12：30 | |||
| マッチーズ | １−３ | FC甲賀 | 15：00 | |||
| 9/23（日） | FCギャザー | １−１ | FC八幡 | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 10：00 | |
| SFC | ２−０ | 甲賀クラブ | 12：30 | |||
| 滋賀FC | １２−０ | ヴィオラSC | 15：00 | |||
| 第10節 | 9/30（日） | ヴィオラSC | ４−１ | 甲賀クラブ | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 17：00 |
| SFC | ３−０ | FCギャザー | 19：00 | |||
| 10/7（日） | FC甲賀 | １−１２ | HIRA | 希望ヶ丘陸上競技場 | 10：00 | |
| 滋賀FC | ８−１ | FC八幡 | 12：30 | |||
| 10/8（月） | 栗東FC | １−２ | ヴィオラSC | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 12：30 | |
| ROSAGE | ３−２ | FCギャザー | 15：00 | |||
| 第11節 | 10/13（土） | ROSAGE | ０−１ | ヴィオラSC | 野洲川歴史公園サッカー場Ａ | 10：00 |
| 東レTOP | ５−０ | SFC | 12：30 | |||
| FC八幡 | １−０ | 守山侍2000 | 15：00 | |||
| 10/14（日） | FCギャザー | ２−２ | マッチーズ | 栗東野洲川グラウンド | 11：00 | |
| 滋賀FC | ７−０ | 栗東FC | 13：30 | |||
| 第12節 | 10/20（土） | SFC | ５−３ | ヴィオラSC | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 10：00 |
| 東レTOP | １０−３ | 栗東FC | 12：30 | |||
| マッチーズ | １−１ | HIRA | 15：00 | |||
| 10/21（日） | FC八幡 | ７−５ | FC甲賀 | 野洲川歴史公園サッカー場Ｃ | 11：00 | |
| 滋賀FC | ７−０ | ROSAGE | 13：30 | |||
| 第13節 | 10/27（土） | FCギャザー | ３−７ | 甲賀クラブ | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 10：00 |
| 滋賀FC | ０−０ | 東レTOP | 12：30 | |||
| SFC | ２−３ | 守山侍2000 | 15：00 | |||
| 10/28（日） | ヴィオラSC | １−２ | FC甲賀 | 栗東野洲川グラウンド | 11：00 | |
| ROSAGE | １１−０ | 栗東FC | 13：30 | |||
| 11/3（日） | ヴィオラSC | ０−９ | HIRA | 野洲川歴史公園サッカー場Ｂ | 17：00 | |
| プレーオフ | 11/4（日） | 滋賀FC | ４−１ | HIRA | 野洲川歴史公園サッカー場 | ： |
| 東レTOP | ４−１ | 守山侍2000 | ： | |||
| 11/10（土） | 滋賀FC | ７−０ | 守山侍2000 | ： | ||
| 東レTOP | １−２ | HIRA | ： | |||
| 11/11（日） | HIRA | ５−１ | 守山侍2000 | ： | ||
| 東レTOP | ０−２ | 滋賀FC | ： | |||
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