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| 順位 | チーム名 | 試合 | 勝点 | 勝利 | 引分 | 敗北 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | 佐川急便ＳＣ | 34 | 83 | 26 | 5 | 3 | 81 | 31 | 50 |
| 2 | ロッソ熊本 | 34 | 69 | 21 | 6 | 7 | 65 | 34 | 31 |
| 3 | FC岐阜 | 34 | 60 | 17 | 9 | 8 | 45 | 31 | 14 |
| 4 | アローズ北陸 | 34 | 59 | 16 | 11 | 7 | 50 | 35 | 15 |
| 5 | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | 34 | 58 | 16 | 10 | 8 | 61 | 42 | 19 |
| 6 | ＹＫＫ ＡＰ | 34 | 55 | 16 | 7 | 11 | 60 | 53 | 7 |
| 7 | 横河武蔵野ＦＣ | 34 | 54 | 16 | 6 | 12 | 50 | 44 | 6 |
| 8 | 栃木ＳＣ | 34 | 52 | 14 | 10 | 10 | 43 | 29 | 14 |
| 9 | ジェフリザーブズ | 34 | 52 | 14 | 10 | 10 | 50 | 45 | 5 |
| 10 | 流通経済大学 | 34 | 50 | 15 | 5 | 14 | 58 | 49 | 9 |
| 11 | 佐川印刷ＳＣ | 34 | 43 | 13 | 4 | 17 | 45 | 57 | -12 |
| 12 | ＴＤＫ ＳＣ | 34 | 42 | 11 | 9 | 14 | 49 | 47 | 2 |
| 13 | ソニー仙台ＦＣ | 34 | 41 | 12 | 5 | 17 | 46 | 59 | -13 |
| 14 | ガイナーレ鳥取 | 34 | 39 | 10 | 9 | 15 | 42 | 51 | -9 |
| 15 | 三菱水島ＦＣ | 34 | 35 | 11 | 2 | 21 | 36 | 53 | -17 |
| 16 | ＦＣ刈谷 | 34 | 28 | 8 | 4 | 22 | 36 | 59 | -23 |
| 17 | ＦＣ琉球 | 34 | 27 | 7 | 6 | 21 | 38 | 82 | -44 |
| 18 | アルテ高崎 | 34 | 7 | 1 | 4 | 29 | 17 | 71 | -54 |
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